Sir John Murray, (født 3. marts 1841, Cobourg, Ont., Can. — døde 16. marts 1914 nær Kirkliston, West Lothian [nu i Edinburgh], Scot.), Skotsk canadisk naturforsker og en af grundlæggerne af oceanografi, hvis særlige interesser var havbassiner, dybhavsaflejringer og dannelse af koralrev.
I 1868 begyndte Murray at indsamle marine organismer og foretage en række oceanografiske observationer under en ekspedition til de arktiske øer Jan Mayen og Spitsbergen, ud for Norge. Murray gjorde meget for at organisere Challenger Expedition (1872–76), som leverede ekstremt værdifulde bidrag til kortlægning, kortlægning og biologisk undersøgelse, og han hjalp med at udstyre den med udstyr til at gennemføre oceanografiske studier. Som naturforsker med ekspeditionen blev han stillet til ansvar for de indsamlede biologiske prøver. Holdt i Edinburgh, tiltrak de opmærksomheden fra havbiologer fra hele verden i 20 år.
Efter ekspeditionens leder, Sir Wyville Thomson (1882), død, afsluttede Murray offentliggørelsen af 50-bindersrapporten om de videnskabelige resultater af rejsen til HMS Challenger (1880–95). Han ledede også biologiske undersøgelser af skotske farvande (1882–94), undersøgte dybden af skotske søer (1906) og deltog i en nordatlantisk oceanografisk ekspedition (1910). Han blev slået til ridder i 1898. Hans skrifter inkluderer papiret ”Om strukturen og oprindelsen af koralrev og øer” (1880) og med Johan Hjort, The Deepths of the Ocean (1912).
