Der er to kilder til de hvidblå-røde farver på det slovenske statsflag. For sin nationale etniske banner havde Slovenien vedtaget en kopi af det russiske flag for at vise solidaritet med andre slaviske folk på tidspunktet for Napoleonskrigene. Endnu tidligere havde den hellige romerske kejser imidlertid givet et våbenskjold til "Kronelandet Carniola", som derefter var en del af imperiet. Dette våbenskjold indeholdt et hvidt skjold med en blå ørn med en rød-hvid rutet halvmåne på brystet. Et andet vigtigt våbenskjold i slovenske historie var det, der blev brugt af amtet Celje - et blåt skjold med tre gule stjerner. Til sidst, under det kommunistiske styre i det 20. århundrede, havde Sloveniens våbenskjold blå og hvide bølget horisontale linjer for at antyde landets Adriaterhavskyst, samt et stiliseret tretoppet bjerg - Sloveniens højeste, den berømte Triglav.
Slovenien erklærede sin uafhængighed den 25. juni 1991, men måtte kæmpe mod den jugoslaviske hær for at etablere sin suverænitet. Flaget hævet på uafhængighedsdagen var den traditionelle hvid-blå-rød pan-slaviske tricolor. For at skelne det fra de lignende flag fra Rusland og Slovakiet blev den nye våben fra Slovenien tilføjet i det øverste hejsehjørne, der overlappede de hvide og blå striber. Dette skjold har en kombination af Triglav og bølgete striber af de kommunistiske arme med de gule stjerner på en blå baggrund fra Celje-skjoldet.
