Inden Kosovo erklærede uafhængighed den 17. februar 2008, havde det aldrig haft den politiske status, der gjorde det muligt for sit eget flag. Efter 2. verdenskrig blev Kosovo indarbejdet i det socialistiske Jugoslavien som en autonom region (senere autonom provins) i republikken Serbien. Den føderale regering godkendte kun flag for de adskillige jugoslaviske statslige republikker. Imidlertid fik etniske albanere, der bor i Kosovo, til sidst tilladelse til at føre det albanske flag.
Kosovo forblev en del af Serbien efter opløsningen af det socialistiske Jugoslavien i de tidlige 1990'ere, men en separatistisk bevægelse i provinsen fik styrke gennem hele tiåret. I 1998 iværksatte Serbien straffeaktioner mod separatister i Kosovo, som i 1999 blev modvirket af den nordatlantiske traktatorganisation (NATO). Kosovo blev sat under De Forenede Nationers administration, der forblev der efter Kosovos proklamation om uafhængighed i 2008, indtil det stort set blev erstattet af 2009 af embedsmænd i Den Europæiske Union (EU). Serbien og et stort antal andre lande forblev imod denne uafhængighedserklæring.
Der blev afholdt en formel konkurrence for at vælge et nationalt flag for Kosovo. Mange af posterne var baseret på designet af det albanske flag, enten direkte eller indirekte. Det valgte mønster - påvirket af EU-flag - afgav en klar redegørelse med vægt på Kosovo som et multietnisk land. EU-flagets blå og gule farver blev brugt til henholdsvis flagets baggrund og silhuet af det nationale territorium, og EU-flagets cirkel af hvide stjerner blev parallelt i buen af hvide stjerner på Kosovo-flaget. Stjernerne siges at stå for de seks overvejende etniske grupper i landet (albanere, bosniakker, Gorani, romer, serbere og tyrker). Dog fortsatte etniske albanske og serbiske indbyggere i Kosovo at bruge deres respektive nationale flag.
