Gananoque, by, sydøst for Ontario, Canada. Det ligger langs St. Lawrence-floden ved mundingen af Gananoque-floden. Byen blev grundlagt af Charles McDonald, der byggede en mølle der i 1812 og senere udlagde byens grund. Det hedder, at navnet betyder "klipper, der stiger op af vandet." Byen ligger 29 km nordøst for Kingston og nær Thousand Islands National Park. Gananoque er blevet et populært feriested og indgangsport til de tusinde øer. Det er også en fremstillingsby med metalværker (kobber og stål), mejerier og et autodele-anlæg. Pop. (2006) 5.285; (2011) 5.194.
