John Cotton, (født 4. december 1585, Derby, Derbyshire, Eng. - døde 23. december 1652, Boston, USA.), Indflydelsesrig New England puritansk leder, der hovedsageligt tjente som ”lærer” i First Church of Boston (1633–52) efter at have undsluppet forfølgelsen af nonconformists af Church of England.
Uddannet ved Trinity College, Cambridge, blev Cotton præsident for sognekirken St. Botolphs i Boston, Lincolnshire, i 1612 og forblev i dette embede i 21 år. I løbet af denne periode blev han gradvis mere puritansk i sine synspunkter, og han ophørte med at overholde visse anglikanske religiøse ritualer i sin udførelse af sine opgaver. I 1632 blev der truffet retslige forholdsregler mod ham for hans ikke-konformisme, og i juli 1633 emigrerede han til Massachusetts Bay Colony, hvor han blev ”lærer” i First Church of Boston, hvor han blev tilbage indtil hans død. Hans popularitet i kolonien var ubegrænset, og hans indflydelse i både civile og kirkelige anliggender var sandsynligvis større end nogen anden minister i det teokratiske New England.
Cotton skrev flere værker, der udgør en uvurderlig redegørelse for New England Congregationalism, herunder The Way of the Churches of Christs in New England (1645) og The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Katekismen, han skrev, Milk for Babes, trukket ud af brystene i begge testamenter (1646), blev i mange år brugt i New England til religiøs undervisning af børn.
