Tidligere en britisk koloni blev Seychellerne uafhængig den 29. juni 1976. Flaget, der var hejset på det tidspunkt, havde vekslende trekanter af blåt og rødt, adskilt af et hvidt diagonalt kors. Måske ikke tilfældigt, at dette flag var næsten nøjagtigt det samme som det, der blev brugt af det australiensiske United Steam Navigation Company, hvis skibe regelmæssigt besøgte øerne i det tidlige 20. århundrede. Flaget varede ikke længe: en revolution fandt sted den 5. juni 1977 under ledelse af Seychellerne Folkeforbund (SPUP). Det nye flag havde rød-overgrønne vandrette striber adskilt af et bølget hvidt bånd, hvilket var det samme som SPUP-flaget bortset fra udeladelsen af en gul sol i midten.
I 1993 førte pres fra udenlandske magter til demokratisering af regeringen. Det regerende parti mistede sit monopol ved valg, og andre partiers deltagelse i regeringen førte til et krav om et mindre partisk nationalt flag. Parlamentet godkendte et design, der inkorporerede farverne på forskellige partier i et flag, der blev hevet den 18. juni 1996. Flagets farver er blå (til himmel og hav), gul (for den livgivende sol), rød (for mennesker og deres arbejde for enhed og kærlighed), hvid (for social retfærdighed og harmoni) og grønt (for landet og det naturlige miljø).
