Selvom der var secessionistbevægelser i Panama, da det var en del af Colombia i løbet af det 19. århundrede, var der ingen anerkendt panamansk flag. I 1903, da senatet i Colombia afviste den foreslåede traktat med De Forenede Stater, der ville have givet anledning til opførelse af en Panamakanal, hjalp amerikanere den panamanske uafhængighedsbevægelse, og Republikken Panama blev dannet.
Oprindeligt blev der foreslået et flagdesign, der brugte farverne på det colombianske flag. Den bestod af lige horisontale striber af rød og gul med en blå kanton med to sammenkoblede gule soler, der symboliserer sammenhængen mellem de to halvdele af planeten ved den fremtidige Panamakanal. Det flagdesign, der endelig blev valgt, blev officielt den 4. juli 1904; det blev delt kvartalsvis med to stjerner. Den tilskrevne symbolik var vekslingen af de to store politiske partier i regeringen (oprindelig var rød for de liberale, blå for de konservative og hvid for fred mellem dem), selvom farverne og stjerner tydeligt antydede indflydelsen fra flagets De Forenede Stater. Det panamanske flag blev designet af Manuel E. Amador, søn af den første præsident for den nye republik.
