Som en del af det USA-administrerede Trust Territory of the Pacific Islands (TTPI) lå Palau under flagene fra De Forenede Nationer, De Forenede Stater og Trust Territory. Lokalt ønske om en separat stat og regering blev realiseret den 1. januar 1981, og et palauansk flag blev hejset ved den lejlighed. Der var afholdt en konkurrence i 1979, der resulterede i mere end tusind forslag; den valgte blev oprettet af Blau Skebong og blev godkendt af den nye regering den 22. oktober 1980. Dette flag bruges stadig i dag.
Den gyldne disk repræsenterer månen, der har særlig betydning for den palauanske kultur. Fullmåne betragtes traditionelt som den bedste tid til fiskeri, plantning og andre aktiviteter. Det siges at give lokalbefolkningen "en følelse af varme, ro, fred, kærlighed og hjemlig enhed." Flagets baggrund er ikke, som man kunne forvente, et symbol på Stillehavet; snarere henviser det til "den sidste passage af den udenlandske administrerende myndighed fra vores land." Palau opnåede fuld uafhængighed først i oktober 1994, men der blev ikke foretaget nogen ændring i flaget på det tidspunkt. Det originale flag fra 1981 er bevaret på Palau-museet i hovedstaden Koror. Palauanske flag ligner design i Bangladeshs flag, men de to har forskellige farver og symboler.
