Uafhængighed for Mellemamerika blev først udråbt den 15. september 1821, men Mexico underlagde derefter området i to år. Flaget fra de nyligt uafhængige Forenede provinser i Mellemamerika blev vedtaget den 21. august 1823 og bestod af blå-hvid-blå striber med det nationale våbenmagt i centrum. Disse arme inkluderede stort set de samme designelementer, som Nicaragua bruger i dag. Selv efter at de fem medlemslande i føderationen blev uafhængige lande fortsatte Nicaragua med at hejse det gamle flag. Endelig, i 1854, blev en ny vandret Nicaraguansk tricolor af gul-hvid-skarlagen valgt, men den fløj ikke længe. Borgerkrig og indgriben fra nordamerikanske filibustere (militære eventyrere) resulterede derefter i, at et antal flag blev introduceret og hurtigt erstattet.
I 1908 blev det gamle føderationsflag genoptaget som Nicaraguas nationale banner med passende ændringer i våbenskjoldet. Dette grundlæggende design, med yderligere ændringer i våbenskjoldet, blev bekræftet af loven af 27. august 1971, skønt Sandinista-bevægelsens rød-sorte horisontale bikolur de facto var et sekundært nationalt flag i Sandinistas regeringsår (1979) -90). Våbenskjoldet på flaget inkluderer en trekant for ligestilling, en frihedshætte til frihed og fem vulkaner mellem to oceaner, symbolsk for de fem originale Mellemamerikanske lande mellem Atlanterhavet og Stillehavsområdet.
