I det 16. århundrede blev William I, prins af Orange, leder af den hollandske uafhængighedsbevægelse mod Spanien. Baseret på armene fra hans forfædres territorium Orange, anvendte William livfarver af orange, hvid og blå. Ved belejringen af Leiden i 1574 bar soldater disse farver på deres uniformer, og populariteten af farverne blandt hollandske nationalister spredte sig derefter. Provinsen Sjælland havde lignende farver: dens flag viste en rød løve, der opstod af blå og hvide striber, der repræsenterede havet. Det hollandske flag på havet efter 1577 var en orange-hvid-blå vandret tricolor, selvom det aldrig blev officielt vedtaget. Ligeledes blev der aldrig nogen officiel anerkendelse givet til erstatning af appelsinen med rød, en transformation afsluttet i 1660. Det var et passende tidspunkt at udelade appelsin fra flagget, for i 1654 blev en forsvarstraktat mellem hollænderne og engelskmennene permanent udelukket medlemmer af Orange's hus fra at være statschefer i Holland. (I det 20. århundrede støttede mange højreekstreme hollandere orange-hvid-blå som det "autentiske flag" for Holland, men det nationale flag blev ikke ændret.)
Efter deres revolution i 1789 anerkendte franskmændene rød, hvid og blå som ”frihedens farver” og hædrede Holland for først at have brugt disse i et flag (se Frankrig, flag). Pro-franske "patrioter" i Holland tog det første skridt med hensyn til et officielt nederlandsk nationalt flag, da deres bataviske republik legaliserede den rød-hvid-blå tricolor den 14. februar 1796. Da Napoleons bror, Louis, blev hersker over kongeriget Holland i 1806 blev der ikke foretaget nogen ændring i det nationale flag. Holland blev annekteret af Frankrig fra 1810 til 1813, men efter uafhængighed blev genvundet anerkendte det nye Kongerige Nederlandene igen det rød-hvid-blå flag. Flaget, som for nylig blev bekræftet af et kongeligt dekret den 19. februar 1937, har inspireret brugen af de samme farver i de nationale lands flag. På trods af den visuelle lighed mellem det hollandske flag og Luxembourgs flag er der intet dokumenteret forhold mellem de to designs.
