Da sovjeterne kom til magten i Vest-Turkestan og lovede ligestilling og udvikling for alle etniske grupper, opnåede kirgisiske folk deres egen autonome region i 1924. I 1926 blev den hævet til status som en autonom republik, og i 1936 blev det en union republik inden for USSR I 1953 vedtog Kirgiz SSR en ændret version af den sovjetiske røde bannere ved at tilføje en hvidkantet blå vandret stribe gennem midten. Efter at Kirgisistan erklærede sin uafhængighed den 31. august 1991 fortsatte den med at bruge sit sovjetiske flag indtil 3. marts 1992.
Baggrunden for det nye flag, der stadig bruges i dag, er også rødt, men det siges at stamme fra et flag fra den kirgisiske nationale helt, Manas the Noble. I midten af flaget er en gul sol med 40 stråler, svarende til tilhængere af Manas og stammerne, som han forenede; dens yderligere symbolske egenskaber er lys, adel og evighed. På den sol er et rød-og-gult emblem med to krydsede sæt med tre linjer hver, alle inden for en ring. Dette er en stiliseret udsigt over taget af det traditionelle kirgisiske hjem, yurt. Få kirgiser bor stadig i yurts, men indtil midten af det 20. århundrede oprettede et flertal af dette nomadiske folk yurter, uanset hvor de rejste. Den symbolske betydning af dette design er detaljeret: flagloven taler om livets oprindelse, enhed af tid og rum, kirgisiske folks historie, solidaritet og ildsted og hjem.
