I forskellige kunstneriske repræsentationer er den vigtigste bygning i Angkor Wat vist på Khmer's nationale flag siden det 19. århundrede, i de tidlige dage af det franske protektorat over Cambodja. Det første flag var rødt kantet i blåt med templet i hvidt. Flaget blev "moderniseret" i 1948 ved vedtagelse af ulige horisontale striber af mørkeblå, rød og mørkeblå, og templet blev ændret for at svare bedre til originalen. Dette flag fortsatte i brug efter at Cambodja blev uafhængig. Afslutningen på monarkiet og proklamationen af Khmer-republikken resulterede imidlertid i et nyt flag i oktober 1970. "Kerneflagget" blev kantonen, mens marken var blå med tre hvide stjerner.
Kommunistiske oprørere brugte først flaget 1948–70, men kom til magten i april 1975 under et almindeligt rødt flag. Da deres demokratiske Kampuchea vedtog sin forfatning i januar 1976, blev en tre-tårnset gul tempel silhuet placeret i midten af det røde flag, kun for at blive erstattet af et fem-tårnede gule tempel, da vietnamesisk-støttede styrker erklærede Folkerepublikken Kampuchea i 1979. Rival “State of Cambodia” (Khmer Rouge) og “Cambodia” (Vietnams) regeringer etablerede yderligere flagtilpasninger forud for De Forenede Nationers administration, der fløj et lyseblått flag med et silhuetkort over landet i centrum. De Forenede Nationer hjalp med at bringe den civile strid til ophør, og det førte landet til frie valg i 1993. Flaget 1948–70 blev igen hejst den 30. juni samme år.
