Yahya Khan, fuldt ud Agha Mohammad Yahya Khan, (født 4. februar 1917, nær Peshawar, Indien [nu i Pakistan] —død 10. august 1980, Rawalpindi, Pakistan), præsident for Pakistan (1969–71), en professionel soldat der blev chef for de pakistanske væbnede styrker i 1966.
Yahya blev født til en familie, der stammede fra elitesoldatklassen af Nāder Shah, den persiske hersker, der erobrede Delhi i det 18. århundrede. Han blev uddannet ved Punjab University og senere uddannet først i sin klasse fra Indian Military Academy i Dehra Dun. Han tjente i Italien og Mellemøsten under 2. verdenskrig og organiserede efter inddelelsen af Indien i 1947 det pakistanske personalkollegium.
Efter at have tjent i krigen med Indien over Kashmir-regionen, blev han Pakistans yngste brigadiergeneral i en alder af 34 år og den yngste general på 40. Han blev øverstbefalende i 1966. En protégé af præs. Mohammad Ayub Khan, Yahya var kommandant over militæret, da gadeudbrud brød ud i landet. Ayub opfordrede ham til at overtage regeringen og bevare Pakistans integritet. Han blev udnævnt til hovedadministrator for kamplov, som han erklærede med ordene ”Jeg vil ikke tolerere uorden. Lad alle vende tilbage til sin post. ”
Yahya Khan efterfulgte Ayub Khan som præsident, da sidstnævnte fratræden sit embede i marts 1969. I 1971 brød der en alvorlig konflikt ud mellem centralregeringen og Awami-partiet i det, der dengang var Øst-Pakistan, ledet af Sheikh Mujibur Rahman. Den østpakistanske leder krævede autonomi for sin halvdel af det geografisk opdelte land, og Yahya Khan svarede ved at beordre hæren til at undertrykke Awami-partiet. Den brutalitet, hvormed hans ordrer blev udført, og den deraf følgende tilstrømning af millioner af østpakistanske flygtninge til Indien førte til den indiske invasion af Østpakistan og rutinen for dets vestpakistanske besættere. Øst-Pakistan blev det uafhængige land Bangladesh, og med sit tab trak Yahya Khan sig tilbage (20. december 1971).
Han blev erstattet af sin udenrigsminister, Zulfikar Ali Bhutto, der satte ham under husarrest. Kort efter blev han lammet af et slagtilfælde og spillede efter sin frigivelse ingen yderligere vigtig politisk rolle.
