Tredje gårdhave
Den afdækkede Felicity-port fører til den tredje gårdsplads eller den inderste gårdsplads, der husede sultanens private bolig og den indre paladsskole. Kun sultanen, hans familiemedlemmer, hans tjenere og den lejlighedsvis godkendte besøgende kunne komme ind. Besøgende på sultanen kunne kun gå så langt som publikumskammeret og forventedes at følge strenge skikke. De kunne ikke skabe øjenkontakt eller tale direkte med sultanen, men i stedet sænke deres hoveder, kaste deres øjne nedad og tale med sultanens oversætter.
Før Murad III flyttede sin bolig til haremet i det 16. århundrede, lå sultanens lejligheder i den tredje gårdsplads i bygningen, ofte kaldet Chamber of Holy Relics. Navnet stammer fra dets rolle som et depot for islamiske relikvier, herunder profeten Muhammeds mantel, sværd og bue, som alle blev opnået, da Selim I erobrede Mamlūk-dynastiet i Egypten i 1517 og overførte kalifatet til osmannerne.
Sovesalerne på de kongelige sider, der var en del af et hierarki af tjenere til sultanen, er også placeret i den tredje gårdsplads. De fleste sider blev rekrutteret som drenge fra den erobrede kristne befolkning via devşirme-systemet, hvor drenge blev fjernet fra deres familier som en form for skatt eller hyldest. Efter at have modtaget nye navne og blev konverteret til islam blev de lyseste drenge tildelt specifikke roller og fik en streng uddannelse, mens de tjente løn. De fulgte en meritokrati og kunne opnå så høje positioner som en storslået vizier, men mange mænd blev frigivet som 25 og gifte sig med en pige af haremet eller en sultans datter. De kongelige siders sovesaler huse nu dele af de kejserlige samlinger. Sultanernes portrætter er for eksempel placeret i sovesalens sovesal, og den kejserlige garderobe er i kampanjernes sovesal. Mange af objekterne i begge samlinger viser paladsets håndværkers dygtighed såvel som ændringer i teknikker og på mode. Seerne kan se det markante skift i kjole i det 19. århundrede, for eksempel gennem garderobeskabet og portrætsamlingen, da europæisk militærklæde erstattede sultanens caftan og fez erstattede turbanen.
En af paladsets mest berømte samlinger er de kejserlige juveler, der ligger i erobreren's pavillon, også i den tredje gårdsplads. Indehaverne inkluderer den såkaldte Spoonmaker's Diamond, en af de største udskårne diamanter i verden, og smaragden Topkapı Dagger, emnet for intriger i kaprerfilmen Topkapi fra 1964. Som de andre dele af museets samling vidner juvelkollektionen til det osmanniske imperiums store rigdom.
Midten af den tredje gårdsplads er besat af biblioteket i Sultan Ahmed III, som er overdådigt dekoreret som mange af paladsets bygninger med malede fliser, maleriske glasvinduer og skodder med perlemor og elfenben. Bogsamlingen blev konsolideret med andre paladsbøger i det 20. århundrede og flyttet til Moskeen i Aghas, som er den største moske i paladset og placeret adskilt. Topkapı-paladsets samling inkluderer sjældne manuskripter, illustrerede bind og tidlige kopier af Koranen, som alle forskere kan se over i læseværelset.
Fjerde gårdsplads
Den tredje gårdhave strækker sig til den fjerde gård, der primært består af rækkehavehaver og pavilloner. Det er hjemsted for det frodigt dekorerede omskærmningskammer, Bagdad-paviljongen og Yerevan-pavillonen. En af de mest markante strukturer i den fjerde gårdsplads er den maleriske forgyldte bronze Iftar Pergola, hvor sultaner ville bryde deres faste, hvis Ramadan faldt om sommeren. Mange af de osmanniske sultaner havde interesse for blomster og havearbejde, og den fjerde gårdhave er fyldt med tulipaner, ligesom de ville have været under osmannens regeringsperiode.
Harem
Haremet var boligkvarteret for sultanens familie og blev strengt opdelt efter køn. I det 16. århundrede blev det også sultanens bopæl, da Murad III fik bygget lejligheder der. Som resten af paladset blev haremet kontinuerligt renoveret og voksede efter behov. Resultatet er et temmelig mazelike layout og mange arkitekturstilarter.
For at komme ind eller ud af haremet, måtte indbyggere passere gennem den asfalterede gårdsplads for de sorte eunuger til Hovedporten, også kaldet Royal Gate. Sort sorteudere bevogtede haremet og blev sandsynligvis købt på slavemarkeder i erobrede lande og kastreret før puberteten. I lighed med de kongelige sider modtog sortejere løn og fulgte en meritokrati, men i modsætning til siderne blev kun nogle få eunucher nogensinde frigivet. Deres opholdsstue såvel som kassererafdelingen og prinseskolen omringede denne gårdsplads.
Forbi Main Gate ligger den brolagte gårdsplads for dronningens mor, harems største og mest centrale gårdhave. Dronningens mor var magtens centrum i haremet. Kaldte valide sultanen, hun var den hovedkonsort, hvis søn var steget op til tronen. Hun havde også betydelig indflydelse på sultanen, som hver morgen stoppede i hendes centralt beliggende lejligheder for at informere hende om statens anliggender.
Sultanens lejligheder var forbundet med dronningens mor gennem et hvidmarmeret dobbelt hamam, et tyrkisk bad. Den ene side af hammamet var forbeholdt sultanen og den anden side til kvinderne i haremet. Resten af sultanens ophold inkluderer en tronhall og tre private kamre. Privy Room of Murad III er den ældste og bedst overlevende bygning i haremet og blev designet af en af Det osmanniske imperiets mest berømte arkitekter, Sinan. Det kuplede rum er detaljeret dekoreret med İznik-fliser og kalligrafi, der reciterer vers fra Koranen. Et andet privat værelse, kaldet Fruit Room, blev tilføjet af Ahmed III og er ukarakteristisk dekoreret med delikat lakeret frugt og blomster.
Sultans sønner, døtre, brødre og søstre boede også i haremet og besatte en af harems hundreder af værelser. Twin Pavilions, for eksempel, var sandsynligvis boligkvarteret for sultans sønner begyndende i det 18. århundrede.
Haremen havde også opholdsstuer for kvindelige tjenere, konkubiner og hovedkonserner af sultanen, og værelserne var tilgængelige via galleriet for konkubinerne ud af Main Gate. Mange af disse kvinder kom som gaver eller køb fra slavemarkedet, da de var unge piger, og som resten af paladsets tjenere fulgte de en meritokrati. De påtog sig servile opgaver, mens de modtog løn og uddannelse for enten at blive hustru til en af siderne eller en konkubine for sultanen. Hvis hun blev valgt til at blive en konkubine, kunne en ung kvinde stige op i rækkerne og modtage bedre opholdsrum, i det væsentlige, hvis hun fødte sultanen et barn. Hvis barnet var en mand, der steg op på tronen, ville konkubinen indtage haremets mest magtfulde position som dronningens mor. De fleste piger af haremet blev imidlertid frigivet i en alder af 16 eller 17 år og blev gift efter deres træning.
