Senere år
Som en erklæret kætter og offentlig forbud blev Luther tvunget til at holde sig ude af den politiske og religiøse kamp for håndhævelsen af Worms Edict. Sympatiske hersker og byråd blev hovedpersonerne for Luthers sag og reformårsagen. Da Charles V indkaldte en diæt for at mødes i Augsburg i 1530 for at løse uløste religiøse spørgsmål, kunne Luther ikke selv være til stede, skønt han formåede at rejse så langt syd som Coburg - stadig ca. 100 mil nord for Augsburg - for at følge udviklingen i kosten. I Augsburg faldt det til Luthers unge Wittenberg-kollega Philipp Melanchthon for at repræsentere protestanterne. Melanchthons resumé af reformatorernes tro, Augsburg-bekjennelsen, blev hurtigt det vejledende teologiske dokument for den nye lutherske tradition.
Luthers rolle i reformationen efter 1525 var teolog, rådgiver og facilitator, men ikke en handlingsmand. Biografier om Luther har følgelig en tendens til at afslutte deres historie med hans ægteskab i 1525. Sådanne beretninger udelader galant de sidste 20 år af hans liv, hvor meget skete. Problemet er ikke kun, at årsagen til de nye protestantiske kirker, som Luther havde bidraget til at oprette, i det væsentlige blev forfulgt uden hans direkte involvering, men også at Luther i disse senere år fremstår som mindre attraktiv, mindre vild, mindre tiltalende end den tidligere Luther, der trodsigt overfor kejser og imperium i Worms. Gentagne gange trukket ind i hårde kontroverser i løbet af det sidste årti af sit liv fremstår Luther som en anden figur - uklar, dogmatisk og usikker. Hans tone blev stram og skællende, hvad enten det var i kommentarer om anabaptisterne, paven eller jøderne. I begge tilfælde var hans udsagn virulente: Anabaptisterne skulle hænges som seditionister, paven var antikrist, jøderne skulle udvises og deres synagoger brændes. Sådanne var næppe ireniske ord fra en minister for evangeliet, og ingen af de forklaringer, der er blevet tilbudt - hans forværrede helbred og kroniske smerter, hans forventning om den forestående ende af verden, hans dybe skuffelse over fiaskoen af den sande religiøse reform - synes tilfredsstillende.
I 1539 blev Luther involveret i en skandale omkring Philip's bigamy, Hesse-landgraven. Som mange andre kronede hoveder boede Philip i et dynastisk arrangeret ægteskab med en kone, som han ikke havde nogen kærlighed til. At engagere sig i forhold til udenrigsægteskabet forstyrrede imidlertid hans samvittighed, så han i årevis følte sig værdig til at modtage nattverd. Hans øjne faldt på en af hans kones ventende kvinder, der insisterede på ægteskab. Philip henvendte sig til Luther og Wittenberg-teologerne for at få råd. I sit svar, som han rigeligt udvidede med bibelske referencer, bemærkede Luther, at patriarkerne i Det Gamle Testamente var blevet gift med mere end en kone, og at polygami som en særlig dispensation stadig var mulig. Philip indgik i overensstemmelse hermed et andet ægteskab i hemmelighed, men inden længe blev det kendt - ligesom Luther's rolle med at skabe det.
Fra midten af 1530'erne blev Luther plaget af nyresten og en åbenlys koronar tilstand. Noget skamfuldt tilskrev han sit dårlige helbred til alvorligheden af sit liv i klosteret. Han fortsatte alligevel sin akademiske undervisning - fra 1535 til 1545 han holdt forelæsning om 1 Mosebog, en af hans mest indsigtsfulde bibelske udstillinger - og prædikede regelmæssigt i bykirken, indtil hans kollega Johannes Bugenhagen påtog sig dette ansvar. Selv da fortsatte Luther med at prædike i det Augustinerkloster. Efter døden af en af hans ældste venner, Nikolaus Hausmann, i 1538 og hans datter Magdalene fire år senere, blev henvisninger til døden mere og mere rigelige i Luthers korrespondance. Således skrev han i et brev fra juni 1543 til en ven:
Jeg ønsker, at der skal gives mig en god lille time, når jeg kan komme videre til Gud. Jeg har fået nok. Jeg er træt. Jeg er ikke blevet noget. Bed inderligt for mig, så Herren kan tage min sjæl i fred.
I februar 1546 rejste Luther, på trods af hans dårlige helbred, til Eisleben, byen hvor han blev født. Han forsøgte at formidle en pinlig krangel mellem to unge og arrogante adelsmænd, tællerne Albrecht og Gebhard af Mansfeld. Han havde succes, og han informerede så hans kone om, hvad der viste sig at være hans sidste brev. En dag senere, den 18. februar, kom døden. Hans krop blev begravet i slotskirken i Wittenberg.
