John Knowles Paine, (født 9. januar 1839, Portland, Maine, USA - døde 25. april 1906, Cambridge, mass.), Komponist og organist, den første amerikaner, der vandt bred anerkendelse som komponist og den første professor i musik ved et amerikansk universitet.
Efter en grundig musikalsk forankring i Portland afsluttede Paine sine studier i Berlin (1858–61). I 1861 indledte han en række orgelkonklusioner og foredrag i Boston, der førte til hans udnævnelse i 1862 som instruktør (senere professor) i musik ved Harvard University. Musikafdelingen, han organiserede der, blev en model for dem fra mange andre amerikanske universiteter.
Både som lærer og som komponist var han en stor indflydelse på udviklingen af musik i De Forenede Stater. Hans værker, generelt modelleret på de tyske klassikere, inkluderer to symfonier, en messe i D (1866–67) og oratoriet St. Peter (1872).
