Moldova erklærede uafhængighed under 1. verdenskrig. På forskellige tidspunkter i tidligere århundreder havde det været en del af Moldavien, Rusland, det osmanniske imperium og Rumænien, og dets symboler stammer fra historiske og kulturelle forbindelser med Moldavien og Rumænien. Dens flag fra december 1917 var den traditionelle rumænske tricolor af blå, gul og rød i vandret format. I midten var hovedet af en aurochs, en uddød europæisk okse. Dette flag fløj kun kortvarigt, fordi Moldova blev inkorporeret i Rumænien i april 1918. Sovjetunionen erhvervede Moldova i 1940, og efter den tyske og rumænske besættelse gennem 1944 blev den moldaviske sovjetiske socialistiske republik genoprettet. Dets markante flag, der blev vedtaget i 1952, tilføjede en grøn vandret stribe gennem centrum af den sovjetiske røde banner. Green siges at stå for vinproduktionen og andre landbrugsaktiviteter i området.
I 1989 var agitationen mod det kommunistiske styre stærk i Moldova, og den blå-gulrøde rumænske tricolor blev et populært symbol. Det erstattede officielt det kommunistiske flag i maj 1990. Moldovas nye våbenskjold, baseret på traditionelle mønstre, blev tilføjet den 3. november samme år: På brystet af en ørn er et skjold med en aurochs hoved omgivet af en halvmåne, stjerne og blomst. Ørnen er et traditionelt emblem fra det rumænske territorium Walachia og har et septer og en olivengren i sine kløer og et kors i næbet. Skjoldets røde, blå og guldfarver afspejler den nationale tricolor. Flaget forblev officielt efter Moldovas uafhængighed i 1991.
