Trentrådet.
I maj 1536 offentliggjorde pave Paul en konvokationsstier for sit foreslåede råd, der skulle afholdes i Mantua. Han bemyndigede også en udvalgt gruppe kardinaler til at udarbejde en rapport om overgrebene i kirken. Guidet af kardinal Gasparo Contarini fordømte denne gruppe ordinationen af dårligt forberedte præster, udvælgelsen af inkompetente biskoper, akkumuleringen af fordele og dekadensen af de religiøse ordrer, forkyndelse og pleje af sjæle. Rapporten faldt imidlertid i protestantiske hænder og blev brugt af Luther i et voldeligt angreb på den romerske kirke og pavedømmet. Ikke desto mindre forfulgte paven hans planer om at afholde rådet, der var planlagt til åbning den 23. maj 1537, i Mantua. Med uendelig tålmodighed forsøgte Paul at overvinde kejsernes, kongernes, prelaternes og fyrsternes modstand, ved at proroguere og udsætte rådets åbning igen og igen i løbet af ni år, men lykkedes endelig at få det indviet af hans legat, kardinal Giovanni del Monte, i Trent den 13. december 1545.
I betragtning af protestenernes bekæmpelse insisterede kejseren på, at rådet hovedsageligt begrænser sig til at håndtere disciplin og reform. Ikke desto mindre herskede pavens beslutning om, at doktrinære anliggender skulle have forrang, og i sine tidlige møder hamrede Trentrådet beslutninger om Skriftens kanon, oprindelige synd, retfærdiggørelse og sakramenterne samt om reform. Frygt for pest og trussel mod et angreb fra væbnede protestantiske styrker inducerede paven til at acceptere rådets overførsel til Bologna i februar 1548. Men kejseren forbød de spanske og tyske prelater at gå til Bologna, og paven måtte suspendere Rådet den 17. september 1549. Ikke desto mindre havde denne første fase af Trentrådet opnået et betydeligt skridt fremad, hvilket førte til en grundig reform af Kirkens lære og disciplin.
I løbet af sit pontifikat besøgte pave Paul ofte besøgspladser i de pavelige stater og videre. Han var i Civitavecchia i 1535 og 1537; besøgte Lucca og Piacenza på vej til Nice i 1538; optrådte i Perugia for at pacificere byen, efter at hans styrker brækkede Colonna-familiens magt i 1540; og i 1543 besøgte Bologna på vej til Busseto for at møde kejseren.
