Martin H. Rathke, (født 25. august 1793, Danzig, Preussen [nu Gdańsk, Pol.] - døde 3. september 1860, Königsberg [nu Kaliningrad, Rusland]), tysk anatom, der først beskrev gillespalterne og gillebuerne i embryoner fra pattedyr og fugle. Han beskrev også først i 1839 den embryonale struktur, nu kendt som Rathkes pose, hvorfra den forreste flok i hypofysen udvikler sig.
Rathke afsluttede en 10-årig medicinsk praksis i sin hjemby, da han blev professor i fysiologi ved University of Dorpat og senere (1835) professor i zoologi og anatomi i Königsberg. En fremragende embryolog, Rathke mente, at guldbuerne var rester af forfædres gæller, men han anerkendte også deres betydning i den senere udvikling af de tilknyttede blodkar. Rathke gjorde også banebrydende forskning inden for marin zoologi. Han blev valgt til stipendiat i Royal Society i 1855.
