Udenlandske rejser og stilændring.
Ved århundredeskiftet var Fischer på højden af sin karriere. Som et synligt tegn på hans succes som hoffearkitekt blev han hævet til adelen i 1696. Den kejserlige alliance med Preussen, Holland og England under krigen under den spanske arvefølgende krig gjorde Fischer i 1704 i stand til at besøge disse lande og til studere deres arkitektur, især i relation til Palladio. Resultatet var en bemærkelsesværdig ændring i hans arkitektoniske stil. I 1707 rejste han til Venedig for at studere palladisk arkitektur ved dens kilde. Resultatet var hans udvikling af en ny type ”Palladian” paladsfasade, klassisk i dens proportioner, men oplivet med en rig skulptureret dekoration. Den består af en central fremspring fremhævet af en kæmpe orden og overmonteret af et trekantet pediment og af relativt uartikulerede laterale snit. Dens modeller var engelske og nordtyske barokke fortolkninger af palladisk arkitektur samt værkerne fra Palladio selv og hans italienske tilhængere. Fischers vigtigste resultater på dette område er fasaderne på det bohemske kansleri (1708–14) og Trautson-paladset (1710–16), begge i Wien og Clam-Gallas-paladset (begyndt 1713) i Prag, som blev efterlignet af arkitekter over hele Habsburg-imperiet.
I løbet af de første 10 år af 1700-tallet designet Fischer imidlertid færre bygninger end i årene før. Hans tid blev taget op af hans administrative opgaver som chefinspektør for retsbygninger og hans arbejde med en stor arkitekturhistorie, Entwurf einer historischen Architektur. Hans bog, der afslører den brede vifte af hans læring, var den første sammenlignende historie med arkitektur i alle tider og alle nationer; det omfattede betydelige eksempler på egyptisk, persisk, græsk, romersk, muslimsk, indisk og kinesisk arkitektur, illustreret ved indgraveringer med forklarende bemærkninger. Nogle af de arkæologiske rekonstruktioner, der blev vist i bogen, var blandt de bedste fra Fischers tid. I slutningen af den historiske undersøgelse placerede han sine egne resultater, som han så som en logisk fortsættelse af den romerske arkitekturtradition. Bogen blev udgivet i 1721.
Afsluttende projekter.
Da hans anden kejserlige skytshelgen, Joseph I, døde i 1711, var Fischers position som den vigtigste arkitekt ved den wieniske domstol ikke længere ubestridt. Mange foretrak den mere behagelige og mindre krævende arkitektur af hans rival Johann Lucas von Hildebrandt frem for Fischers høje opfattelser. Alligevel var han også i stand til at vinde fordel af Charles VI, som han dedikerede sin arkitekturhistorie i manuskript i 1712 og få kommission til bygning af Karlskirche (St. Charles Borromeo-kirken; begyndt 1715).
Charles havde lovet at bygge Karlskirche som et tilbud til sin skytshelgen for byens befrielse fra en pestepidemi. I sin imperialistiske storhed udtænkte Fischer ikke kun St. Charles, men var også et monument for kejseren selv. I denne kirke forsøgte han at inkorporere og harmonisere de vigtigste ideer indeholdt i de vigtigste hellige bygninger fra fortid og nutid, begyndende med Temple of Jerusalem og inklusive Pantheon og St. Peter's i Rom, Hagia Sophia i Istanbul, og også Dôme des Invalides i Paris og St. Paul's i London. De relativt uafhængige dele af bygningen - et par romerske triumfskolonner, lave tårne, en høj oval kuppel, en central portiko modelleret efter en romersk tempelfasade, et transept og rovdyr - er harmoniseret for at danne en visuel enhed, uanset hvad de er set. Bygningens komplekse formelle og symbolske struktur er resultatet af dens todelt funktion. F.eks. Er det mest markante træk ved kirken - paret med gigantiske triumfskolonner på hver side af portikoen - dekoreret med spiralrelieffer, der glorierer St. Karls liv. Paret af søjler henviser imidlertid også til kejserens emblem, "Hercules søjler."
Fischer levede ikke for at se sit mesterværk afsluttet, men hans søn Joseph Emanuel Fischer von Erlach afsluttede kirken med nogle ændringer. Joseph Emanuel afsluttede også de kejserlige stalde (1719–23) og byggede, ifølge sin fars mønstre, det kejserlige bibliotek (designet 1716, bygget 1723–37), hvis indre var den mest imponerende bibliotekshall i sin tid.
