Under De Forenede Nationers troskabssystem oprettet efter 2. verdenskrig havde franskmændene en forpligtelse til at bevæge Togo mod selvstyre. Et lokalt flag blev vedtaget i 1956, kort før landet blev dannet til en autonom republik i Den Franske Union. Flagets grønne baggrund stod for landbrug, håb og ungdom; den franske tricolor i det øverste hejsehjørne var en påmindelse om fransk overherredømme. To gule fempunkede stjerner, arrangeret på en imaginær diagonal linje, der løber fra den nederste hejsning til den øverste flue, henviste til kystsletterne i syd og savannerne i nord, "forenet i kærlighed til orden og arbejde."
Den 27. april 1960 blev Togo uafhængig under et helt nyt flag; det reducerede de to stjerner til en for at understrege national enhed. Flagets fem grønne og gule striber svarer til landets administrative regioner, mens disse farver er en påmindelse om, at det overvældende flertal af befolkningen er afhængig af landet for dens næring (grønt) og sin egen arbejdskraft til udvikling (gul). Det siges, at den røde kanton står for kærlighed, troskab og velgørenhed, mens den hvide stjerne er forbundet med renhed. De samme panafrikanske rødgulgrønne farver blev valgt af flere andre lande, der opnåede uafhængighed kort før eller efter Togo.
