Det første statsflag, der blev vedtaget i 1893 og designet af fru Edward H. Center, havde på bagsiden et hvidt felt med forseglingen, statens navn og 19 guldstjerner, der symboliserede Minnesota som den 19. stat, der fulgte originalen 13; bagsiden af flag var almindelig blå. Dette flag blev lidt brugt, delvis fordi dets design ikke var let at fremstille i mængde. Den 19. marts 1957 blev der oprettet et nyt design; flagets baggrund, ligesom mange andre statslige flag, blev fremover blå på begge sider. Det centrale design fra det originale flag i 1893 optrådte i cirkulær form på begge sider af det nye flag.
Den 1. august 1983 blev der foretaget ændringer i statsforseglingen. Tidligere var den amerikanske indianer i sælen blevet vist på flugt fra et landskabslandskab, hvor en landmand pløjede, mens hans musket og pulverhorn hvilede i nærheden. Det reviderede design inkluderer stadig den monterede indiske og de andre symboler, men det undgår det originale forslag om, at civilisationens fremskridt kræver afgang af landets oprindelige indbyggere. Også tilbage i sælet er repræsentationer af St. Anthony Falls, en solnedgang og en grænse af damens tøffelblomster sammen med datoerne for den første europæiske bosættelse i Minnesota (1819), dens optagelse i statsskab (1858) og vedtagelsen af det første statsflag. Statens motto, ”L'Étoile du nord” (”Nordens stjerne”), vises på et rødt bånd. (Før Alaska blev optaget i unionen, var Minnesota den nordligste stat.)
