Imre Thököly, (født 25. september 1657, Késmárk, Royal Ungarn [nu Kežmarok, Slovakiet] - død 13. september 1705, İzmit, Det osmanniske imperium [nu i Tyrkiet]), ungarske patriot, leder af de ungarske protestanter i deres kamp mod østrigske Habsburg-styre.
Scion af en rig protestantisk familie flyttede Thököly til Transsylvanien, efter at hans far blev henrettet for at have haft en rolle i de ungarske magnaters sammensværgelse mod Habsburg-kejseren Leopold I (1670). Hans familieegenskaber blev udskiftet, han førte senere den ungarske protestantiske modstand mod den fortsatte undertrykkende Habsburg-politik og blev i 1680 valgt til kommandør til chef for malcontenterne. Hjælpet af kejserens beskæftigelse med det fjendtlige Frankrig og støttet af de osmanniske tyrkere og prinsen af Transylvania, overskred Thököly store dele af det øvre Ungarn og tvang Leopold til at genoprette ungarske friheder (traktaten om Sopron, 1681) og anerkende hans egen kvasi-suverænitet i nord Ungarn. Han genoptog imidlertid snart fjendtlighederne imod kejseren, men allierede sig selv med tyrkerne og indtog titlen som prins over hans egne herredømme. I 1683 sluttede han sig med tyrkerne i deres sidste forsøg på at tage Wien. Beleiringen blev imidlertid afvist, og Thökölys formuer kollapset med hans tyrkiske allieredes. Hans oprør blev knust, hans fæstninger erobret, og hans kone blev taget i varetægt til Wien. Hans formuer blev genoplivet kort i 1690, da han blev installeret af tyrkerne som fyrste af Transylvania og besejrede de kejserlige styrker i Zernest (august 1690), men efter traktaten om Carlowitz (1699) blev osmannisk indflydelse markant mindsket og Thököly blev tvunget at tilbringe sine resterende år i eksil i Tyrkiet.
