Flaget blev vedtaget af Territorial Council i 1967. Dets ulige lodrette striber omtales som en "canadisk bleg", fordi de svarer til dem, der findes i det canadiske nationale flag. (I heraldik er en bleg en central lodret stribe på et skjold, der normalt dækker en tredjedel eller mindre af området.) Den grønne stribe i Yukon-flaget er til territoriets skove, mens det blå er til floder og søer; hvidt er til den arktiske sne. Det centrale emblem er det officielle Yukon våben, der blev tildelt territoriet den 24. februar 1956 ved kongelig beføjelse. Dette våbenskjold blev designet af kommandør Alan B. Beddoe, hvorimod flaget var konceptet af Mr. Lynn Lambert, en studerende ved Haines Junction.
Kammen i våbenskjoldet indeholder en Malamute-hund, der blev vidt brugt i åbningen af det mineralrige Yukon-område til europæisk beboelse. Den bølgende lodrette stribe på skjoldet står for Yukon-floden, de røde trekanter antyder bjerge, og guldskiverne henviser til guld og andre mineraler. St. George's Cross (af England) plus det heraldiske symbol for pels og den territoriale blomst (ildstedet) fuldender våbenskjoldet.
