I det 20. århundrede blev de to territorier, der endelig blev knyttet til Papua Ny Guinea, administreret af tyskerne, briterne og australiere. De koloniale regeringer havde ingen officielle symboler af lokal relevans, skønt et foreslået våbenskjold til tysk Ny Guinea - aldrig vedtaget på grund af Tysklands engagement i første verdenskrig - indeholdt et paradis for fuglene. I 1962 indarbejdede et lokalt flag også et paradisfugl. Det originale design, der blev brugt af et sportshold, var grønt og indeholdt en naturalistisk fugl gengivelse nær hejseværket. Senere udviklede den koloniale administration en lodret tricolor af blå-gulgrøn som et muligt fremtidig nationalt flag. Sydkorset optrådte i form af fem hvide stjerner på hejsestriben, og en hvid silhuet af paradisets fugl var repræsenteret på den grønne stribe. Stjernerne minder om dem, der var i det australske flag.
Øboere var ikke begejstrede for forslaget, men regeringen modtog et udkast til design fra en ung studerende, Susan Karike, der fandt bred støtte. Paradisets fugl og stjernebillede blev bevaret, skønt den førstnævnte var gul i stedet for hvid. Flagbaggrunden blev ændret radikalt: to farver, rød og sort, blev valgt, fordi de er meget omtalt i lokal kunst og beklædning. Den diagonale opdeling gav en bedre balance i designet og gjorde flaget unikt. Det nationale parlament anerkendte flaget den 11. marts 1971, og dets anvendelse blev udvidet til skibe, der er registreret i Papua Ny Guinea, da landet blev uafhængigt den 16. september 1975.
